Целью организации является развитие системы фармаконадзора, защита здоровья населения, мониторинг безопасности лекарственных средств, анализ, оценка риска использования лекарственных средств, медицинских изделий, развитие образования и науки в области фармаконадзора и безопасности лекарственных средств, а также содействие развитию системы фармаконадзора на территории Евразийского экономического союза.